Archivo de la etiqueta: métodos estocásticos

La expresión génica vista por un físico III: Interpretación de probabilidades. Resultados

Llegamos ya a la última entrada de la serie, que viene precedida por:

Dogma central de la biología. Enfoque determinista

Introducción al enfoque estocástico

Hemos visto que al aplicar el planteamiento estocástico de Gillespie al mecanismo de expresión génica se modela un conjunto de macromoléculas contenidas en una célula en relación a la probabilidad que tienen de chocar y reaccionar entre sí. Así, el hecho de que una reacción concreta tenga lugar se puede descomponer en dos sucesos de naturaleza aleatoria con sus respectivas probabilidades:

1. Tras un tiempo  sin reacciones, se produce una reacción cualquiera

\boldsymbol{P_1=v_0e^{-v_0\tau}dt}

2. La reacción que se produce es concretamente la reacción

\boldsymbol{P_2=\dfrac{v_\mu}{v_0}}

El objetivo del modelo de Gillespie es obtener la información que nos diga qué reacciones se producen y en qué instante. El resultado de aplicar el método debe ser algo parecido a lo siguiente:

Sigue leyendo

La expresión génica vista por un físico II: Introducción al tratamiento estocástico

Otra entrada sobre el tratamiento de la expresión génica por parte de Pedro Fernández (@pedrokb_vr)

En la entrada anterior vimos cómo modelar matemáticamente el mecanismo por el cual un gen se traduce a una proteína basándonos en el enfoque determinista, así como los dos principales errores que se cometen al aplicar ese modelo: el uso de variables continuas y la no consideración de la aleatoriedad propia del proceso.

La expresión génica vista por un físico I

Para solucionar el problema al que habíamos llegado se introduce el cálculo de probabilidades de sucesos aleatorios en el enfoque estocástico. Empecemos desde abajo.

Sigue leyendo

La expresión génica vista por un físico I

En esta ocasión tenemos el placer de iniciar unas entradas relacionadas con el campo de la biofísica. En concreto en ellas se nos hablará de cómo estudia un físico la expresión génica, es decir, el mecanismo por el cual un gen se traduce a una proteína.  Estas entradas están escritas por Pedro Fernández (@pedrokb_vr)

Esta es la primera de una serie de entregas en el campo de la biofísica. En ellas discutiremos  despacito y con buena letra el mecanismo por el que se expresa un gen desde el punto de  vista físico, haciendo especial hincapié en la aleatoriedad inherente del proceso. Vamos a  ello…

El ADN se copia a ARN y el ARN se traduce a proteínas. Estos son los pasos básicos de la expresión de un gen en proteínas.

Sigue leyendo